1.创新系统建设的主要举措
我国国家创新系统建设命题的提出是 科技 体制改革不断深化的必然产物。建设国家创新系统的目标本身就是 中国 科技体制改革的目标，就是使科技与 经济 更好地结合起来，充分发挥科技人员作用，使 科学 技术成果迅速广泛地用于生产，提高科技生产力，促进科技与 社会 的 发展 [6]。
从1998年至今，国家创新体系建设显现出了以科技资源配置和力量布局重大调整为重点，如推进 应用 研究 与开发型科研机构转制和社会公益型科研机构改革，建设一流大学及 现代 研究院所制度。1999年8月，国务院发布了《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》，明确提出要强化 企业 的技术创新主体地位，充分发挥市场机制在配置科技资源方面的基础性作用，推动大多数科技力量进入市场。进而发布了《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革意见》，对开发类科研院所实现由事业单位向企业运行的转制。并发布了《关于非营利性科研机构管理的若干意见》。与此同时，启动了国家“211”工程、《面向21世纪 教育 振兴计划》和中国科学院《知识创新工程》试点。特别是知识创新工程，在机构调整、人才分流等体制机制创新方面进行了一系列探索，发挥了重要引领和示范作用。
2.创新系统的垂直构建特征及其 问题
我国科技资源配置和力量布局的重大调整，从政策调整方向上看，基本沿着创新过程的线性模式，强调了各主体相应于创新阶段变化的重点任务，如以实施知识创新工程为重点加强基础研究布局；以推进研究所转制和加强企业技术中心为代表的企业技术创新体系建设，强化企业在创新中的主体地位；形成了“企业是创新的主体；科研机构和大学是重要的技术创新源和知识库；教育和培训是知识生产、应用和传播的重要环节，中介机构是沟通知识流动的重要环节；政府部门的作用对创新发挥重要 影响 ”[7] 的基本架构，发挥着知识的生产者、使用者与扩散者的作用。通过科技立法、国家计划、合同等建立了创新系统中各子系统之间的联系机制。
从模块化 理论 的视角看，我国国家创新系统的结构特征具有明显的以垂直方向为主导的线性模块化特征，即侧重于子系统之间的上下游关系，国家科技计划布局正是按照这一思路设计的。
这种基于创新线性模型的创新系统构建，突出了系统的时间序列，同时也带来了系统整合的低效率，表现为：科技储备不足，创新不力；企业创新能力与动力不足；教育还较为落后；系统整合的效率过低，产学研之间缺乏密切合作，没有形成合力[6]。可以说，创新系统建设的现状仍难以满足国家发展的需要。
五、创新系统构建的新思路
1.经济全球化下国家创新系统建设面临的挑战
经济全球化加速了国际分工体系的变化，跨国公司主导的、以价值创造为衡量标准的产品内垂直专业化分工，构成了 目前 国际分工的基本格局。各国（地区）受要素禀赋限制，通常只能够依靠其特有的竞争优势位居全球化产品价值链的一个或数个环节，获取不同的附加值，体现了其在全球价值链中所处的地位。
伴随着国际分工体系的重构和转制，生产阶段成本通过向后发国家转移而逐渐降到最低，从而导致生产阶段的利润率不断降低。发达国家依靠其研发优势、品牌优势和全球营销优势攫取高额回报，由此形成了产业价值链曲线两头高、中间低的形状，被形象地称为“微笑曲线”[8]。
国际产业分工体系的重构和转型，给发展中国家的 工业 化路径与手段带来了一些新的启示：首先，不同产业间的差距，并不代表产业竞争能力的差距，产业升级的重要性应让位于产业价值链上的升级。其次，发展中国家工业化进程中，可能通过在某些新兴产业快速进入全球产业链，并跃进到产业价值链的高端环节，形成跨越式发展的特征。第三，发展中国家的某些地区，由于其特有的要素禀赋和环境优势，有可能率先加入到全球价值链分工体系，形成快速发展的态势。
2.发展中国家创新系统建设的新思路
与经济全球化相伴随的国际分工体系变化，起核心作用的理念是对价值创造活动的高度重视，并以此作为分工的基点。而价值创造也正是创新系统的目标和任务，因此，创新系统的构建应该也有可能与国际分工体系的重构相衔接。国际产业分工体系的重构和转型给发展中国家工业化路径与手段选择带来新启示，同时为发展中国家创新系统建设带来了新思路。
模块与模块化理论与一般的分工理论不同之处，恰恰体现在模块强调了功能性和价值性，对解决创新系统这一旨在价值创造的复杂系统具有很好的工具性作用。我国一直延续的以顺序式为主导的创新体系分工构架，应该说尚处于一种简单的分工阶段。从经济系统的演进路径看，模块化是经济系统演进的结构性表现，从规模经济到分工经济及其向模块化的发展，是经济系统演进的基本路径[9]。同样，创新系统也不应停留在简单的顺序式分工构架状态，应一定有着创新系统演进的路径。
近年来，我国围绕着科技资源配置和力量布局的重大调整，创新系统的结构有了一定变化，特别是企业在创新活动中的主体地位有所增强。但是，如果从创新系统演进的角度看，系统构建的主要思路并没有变化，仍是按照创新的线性模型进行系统分工的。正是由于创新系统的构架模式没有明显的变化，导致了创新系统中各子系统的联结规则也难以有重大突破，政府仍旧发挥着传统计划经济体制下，以国家计划对各子系统进行协调的作用；同时，经济全球化带来的创新需求，与现有创新系统形成的供给能力之间的差距越来越大。
笔者认为，要改变我国创新系统的现状，必须从创新系统演进的角度出发，推进系统演进，建设创新系统，而不能简单地停留在旧有的系统模式上。改变按照创新线性模型进行系统分工的思路，向着模块化的系统构建思路转变。
3.要解决的若干关键问题
模块化是一个将系统进行分解和整合的动态过程，因此，创新系统效率的提升以及创新系统的进化和发展，必然涉及两个相互联系的问题：一是模块如何分解？二是模块之间的界面规则如何建立？
关于模块的分解，关键是模块分解的标准。从创新研究演进看，早期创新研究关注创新活动的时间特征，采用的是线性模型；近年来创新研究更多地关注创新的产业特征和空间特征，如美国越来越多地关注“创新集群”的作用。因此，模块分解可以按照创新活动顺序进行垂直分解，也可以按照产业、空间进行水平分解；以及两者相互结合的混合分解方式。如果按照模块化的真正含义理解，模块的分解绝不仅限于以创新过程、产业和空间为标准，更为重要的是，要进行熊彼特意义上的创造性的破坏的模块化分解与再结合，才能实现系统的创新。
无论采用哪种分解方式，在模块分解过程中都必须关注两个基本问题：成本[10] 和信息利用效率[11]。将相互依赖的系统进行模块化，必须把握所有的依赖关系，并将这些关系通过规则融入到新的模块之间联系中，在制定、普及设计规则过程中，需要考虑成本。同时，模块之间存在信息流动，信息以竞争的形式还是共享的形式出现在各个模块中，哪种形式对整个系统更为有效？是模块化过程要考虑的关键指标。为此，系统的总设计者必须确定整体结构，运用系统的功能主义 分析 方法 对系统进行功能性分析与分解。
从某种意义上说，创新系统模块设计的重点不在于去设计模块化的组织，而在于设计符合需要的联系规则。就模块之间的联系而言，要解决的则是如何建立模块之间的界面规则。模块化与分工的差异，更多地表现出前者要考虑整合的效益，而这种效益将在很大程度上来源于模块之间的联结对价值交换、转移和创造的影响。创新系统中模块的联结有多种模式，按照“模块化”的设计准则，即“看得见的规则”和“隐形的规则”，存在事先的中央集权式的规则，也有事后在改进中不断进行调整的联系规则。后者已越来越成为推动技术创新的动力。