分税制财政体制能够成功运行的一个基本要求，是各级政府有自己的主体收入，用自己的财力办自己的事情。否则，地方政府就会逐步增强对上级政府的依赖。依赖不断增强和上移的必然结果，是分税制财政体制逐步转化和变质为高度集中的财政体制，分税制财政体制 自然 消亡，地方增收节支的积极性转化为“跑上”的积极性。因此，完善分税制财政体制，解决基层财政的实际困难，核心是确立一级财政，就要使这级财政有能够基本满足自己需要的自主财力，在辅之少量的转移支付财力的情况下，做到自己的事情自己办。 目前 ，我国的五级财政体制存在不合理的 问题 ：一是财政层次过多， 影响 了各级财政主体收入体系的形成。二是财政层次过多，影响了各级财政的事权划分和职责的确立。总之，目前我国的财政层次过多，是影响分税制财政体制正常运行和导致基层财政困难的主要原因之一。从目前的情况来看，建议取消乡镇财政，实行乡财县管；取消市级（地级市）财政对县级财政的管理，实行省级财政直接管理县级财政。这样一来，全国的财政级次变为三级，即中央、省（市、自治区）和县（地级市、县级市）三级，增强各级财政的调控能力。
各级政府的事权和财权相对称，是分税制财政体制正常运行的又一基本要求。从现在的 发展 趋势看，一是中央财政的职责重大，如保持国民 经济 的持续稳定发展，促进区域经济协调发展，发展高等 教育 、尖端 科技 和高新产业，全国性的环境保护，江河湖泊的治理，等等，中央财政必须要有强大的财政调控能力。目前的分税制财政体制，逐步提高了中央财政收入占全国财政收入的比重，符合中央财政的财权和事权相对称原则。另一个是县级财政的职责重大。我国长期实行的是城乡分离的 社会 经济体制，“二元经济结构”非常明显。结果是随着社会主义市场经济的发展，财政向公共财政转变时，财政供给的公共产品主要是面向城市居民， 农村 居民享受到的很少。因此，我国今后要实现城乡社会经济协调发展，在有九亿多农民的广大农村，财政在供给公共产品方面要弥补 历史 的欠账和满足新的公共需求，如提供基础教育包括今后发展的高中阶段教育，提供农村社会保障，提高农村医疗卫生条件，等等，基层财政的任务是非常巨大的， 时代 赋予基层财政的责任和压力也是空前的。所以，完善目前的分税制财政体制，要增加县级财政的主体税种，扩大税收分享中县级财政分享的比例，同时要加大对中西部地区基层财政的转移支付力度，逐步大幅度增强县级财政的实力。
（三）按照公共财政和城乡一体原则，继续改革农村财税制度。
目前，我国实行的农村税费改革，其主要目标是减轻农民负担，规范农村分配关系，遏制农村“三乱”现象的发生。从试点情况看，农村税费改革确实实现了上述目标，减轻了农民负担，安徽省农民平均减负在25％以上，有效遏制了农村“三乱”现象。但是，现在实行的农村税费改革，并没有根本改变我国1958年左右形成的农村税收体系，农村仍然实行有别于城市的税收制度。
从税收负担看，目前农村居民普遍相对高于城市居民。如对城市居民普遍征收的个人所得税，起征点是月均800元，假如一家三口仅一个人工作（这种情况是比较少的），也就是说城市居民人均收入在3300元以下是不需要交税的，但农民现在的人均纯收入基本都在3000元以下，却普遍都要交税。许多工商税都有起征点和免征额，如增值税、营业税等，但农业税没有，无论农业生产的成本多大，也无论农业生产的净收入是多少，都需要缴纳固定比例的农业税。目前，许多农民的人均纯收入还不如城市居民的“低保”水平，尤其在很多贫困地区，但在城市享受照顾，而在农村确要纳税。因此，相对城市居民来说，农民的税收负担是重的，也是不公平的，在税制上设置了城市和农村的差别待遇。
从实现我国城乡经济的协调发展和建立公共财政体制的目标出发，必须继续深化我国的农村税收制度改革。长远的目标，应是逐步建立城乡基本协调的税收制度，将农业税改为体现农民纯收益的具有和城市个人所得税有大致相同的起征点和免征额的新型收益税。当前，“三农”问题已是我国经济发展中的突出问题，农民收入增长缓慢，农村市场恢复乏力，已严重影响了国内有效需求的扩张。目前，增加农民收入，已是“三农”问题中的核心问题。为此，在农村新的税制改革到位以前，建议目前免除一切农业税。现在我国财政收入增长形势较好，而农业税占全国财政收入的比重已下降到3．7％左右，并且农业税的征收成本很高，免除农业税对财政经济形势没有多大的影响，但对于目前广大农民的休养生息和增加农民收入是非常关键的。
在我国现行的财政支出政策体系中，财政与农民的关系，主导的观念是财政支农。这是带有浓厚计划经济时期特征的观念，是改革开放20多年后的今天仍能保留下来的为数不多的早已过时的观念。
财政支农的观念，与发展社会主义市场经济的要求是很不一致的。在社会主义市场经济条件下，无论国有经济，还是集体经济、个体经济或者私营经济，都是市场经济中的活动主体，都有义务按照国家统一税法的规定，积极主动地向国家纳税，同时也有权利享受国家一视同仁地向社会成员提供的公共产品与服务。因此，在社会主义市场经济条件下，就不能再按照不同的产业和不同的社会群体来制定不同的财政政策。其实，随着我国社会主义市场经济的发展，我国的财政政策已逐步从区别性的政策走向共同性的政策，如改产品税为增值税、统一 企业 所得税、全面开征个人所得税、财政支出逐步退出一般竞争性领域等。所以，随着经济的发展，今后我国农民应该和城市居民一样同等地享受经济发展带来的由国家财政提供的各种社会福利，这就必然要求彻底抛弃带有区别性和歧视性的财政支农观念。
农村的许多公共产品，如基础设施、教育、社会保障等，不仅在属性上与城市公共产品是一样的，而且许多公共产品的受益范围也不局限于农村居民，甚至城市居民的受益还要大于农村居民的受益。因此，在供给的方式上也应该采取相同的政策，但现在在公共产品的供给上，存在较大区别，农村的公共产品主要由农民自己负担。这种厚此薄彼的公共产品供给政策，必然造成城乡居民发展机会的不均等，进一步拉大城乡的差别。所以，今后的财政政策调整，要加大对农村公共产品的供给力度，尤其是目前农村的九年义务教育、饮用水、医疗卫生、养老救济等农村急迫需要的公共产品，要逐步纳入全国统一的公共产品供给体系，以逐步缩小城乡差别，实现城乡社会经济的一体化发展。