（三）1997年至今：国债市场以银行间市场为中心
1997年6月，全国银行间国债市场正式形成。 [3] 根据国务院的指示， 中国 人民银行于1997年6月发出通知，要求所有商业银行全部退出证券交易所国债市场，同时开办全国银行间债券市场，商业银行持有国债全部转由中央国债登记结算公司托管；要求商业银行不能再购买和持有国债。从当时情况看，这既是为了防止商业银行资金通过国债回购及现券交易进入股票市场，也是贯彻商业银行、证券公司和保险公司实行分业经营和分业管理的需要。国债市场形成了两个相互分离的市场：全国银行间国债市场和上海证券交易所国债市场。
1996年12月中央国债登记结算公司成立。由于1993-95年 经济 过热时期出现的国债买空和卖空现象，以及虚开实物国债代保管单盗用国家信用的严重 问题 ，与缺乏一个统一、安全、高效的国债登记托管系统有着直接的关系，因此我国政府从1994年下半年起就开始考虑建立统一的国债登记托管系统。经国务院批准，财政部和中国人民银行于1996年底决定将北京证券交易中心改组为中央国债登记结算公司。该公司的成立，为全国银行间债券市场的建立和中国国债市场的规范化 发展 ，提供了关键性的基础设施和必要的技术支持。
1997年国债发行结构与1994-95年大体相同：主要以凭证式国债为主，其发行额占当年国债发行总额的68%。国债期限品种以3年、2年、5年为主，主要是通过承购包销和柜台销售方式面向个人投资者发行。同年还在证券交易所面向一级自营商招标发行了两期记帐式国债，其中一期为10年期附息国债。由于商业银行不再承销该种国债，因此其发行规模不是很大。
1997年10月开始我国的宏观经济出现了通货紧缩的趋势，因此我国政府在1998年年中采取了反周期的扩张性财政政策：面向四家国有商业银行以承购包销方式增发1000亿元长期国债，所筹资金重点用于基础设施建设，以扩大国内有效需求、确保经济稳定增长。基于基础设施项目周期较长，所发国债主要为长期国债：1999年中国政府继续向四家国有商业银行增发600亿元长期国债，并首次采取浮动利率形式；从1999年秋季起，财政部恢复了通过公开招标的发债方式。财政部在2000年发行的7年以上长期国债几乎全是采取浮动利率形式。
面对通货紧缩趋势，央行从1998年起采取了稳健的货币政策。首先，1998年在中央银行体制方面进行了重大改革：撤消31个省级分行，组建9个跨省分行，使中央银行的货币政策和 金融 监管摆脱地方政府的干预；其次，从1998年开始取消对商业银行的贷款限额控制，要求所有商业银行采用资产负债比例管理和内部风险控制；再次，1998年改革了存款准备金制度，将法定准备金比率从13%降到8%，合并超额准备金账户和存款准备金账户。同时中国还利用降低法定准备金率的时机，向四家国有商业银行发行了2700亿元特别国债，专项用于补充国有商业银行资本金。1998年5月我国恢复了国债公开市场操作。
2003年以来我国经济逐渐走出通货紧缩的阴影 [4] ，2003年全年9.1%的增长率创下1997年以来的最高，在遭遇非典疫情 影响 下，仍能保持这样高的增长率，预示着我国进入新一轮经济增长周期，2004年一季度继续延续这一趋势，达到9.7%。2003年全年全国居民消费价格总水平累计平均比去年同期上涨1.2%。2004年一季度增长2.8%，4月份更是创下3.8%的新高，物价指数的连续上涨使通胀预期逐渐增强，市场对升息传闻极为敏感。央行基于对宏观经济好转和局部经济过热的判断，逐步采取了抑制信贷货币过快增长的政策。除了采取连续的公开市场操作对商业银行的资金头寸进行日常调控，央行还采取了对商业银行的窗口指导和调高准备金率等措施。央行2004年货币政策的主要任务是保持信贷规模的适度增长、防范贷款风险和通胀风险。