（一）货币政策的传导机制具有内生的不确定性
货币政策的传导机制中有四个重要角色：（1）中央银行；（2）金融机构，包括商业银行、储蓄银行及信用社；（3）资金供给者；（4）资金需求者。在这四大角色中，每个角色又由无数个体所组成，每个个体在不同时点有着不同的行为模式，因此，从数理角度来 分析 ，四大角色具有多种行为模式组合，而且随着客观条件的变化，各种组合模式又会相互替代，具有多重均衡的特点，不可能找到最优均衡点，在多重均衡的运行过程中，往往潜伏巨大的制度变迁风险，原因在于每个个体追逐单个利益的理性行动很有可能造成集体的非理性后果。因此，货币政策的传导机制具有内生的不确定性，它决定了金融风险与货币政策的矛盾与冲突在所难免。
（二）金融风险会加大货币政策的执行难度
货币政策的真正实施，通常要求在货币工具、操作目标、中期目标或指标变量以及最终政策目标之间存在相对稳定的关系。扰乱金融体系，会 影响 这些关系。当一个银行体系越来越资不抵债（即金融风险越来越大），操作目标（如利率）、中间目标（如货币或信贷总量）和政策目标（如稳定物价）之间的联系就会改变。也就是说，金融风险会影响货币政策的传导机制，会影响货币政策的目标，会加大货币政策的执行难度。当金融风险程度越来越高时，政策工具与目标之间的正常关系变得越来越难以预测。例如通过货币供应和利率来传导货币政策，会受到银行流动性不足或资不抵债的影响（有 问题 银行的风险表现），因为这些银行不能根据货币政策措施调整储备或贷款，还会降低对利率反应的敏感性和预见性。不会对市场力量作出反应的银行是不能靠它们来传导利率变化的。
在那些有风险的银行体系中，各种货币工具被用来执行货币政策时均会受到不稳健银行亦即有问题银行的极大影响。例如，货币市场不会拆借资金给不稳健的银行用来弥补准备金的不足，由此造成的市场分化会进一步阻碍央行对整个银行体系的货币管理，最终扰乱金融市场的运行。而货币政策正是通过金融市场传导的，当银行体系中有很大一部分银行无法依靠时，同业拆借市场会发出极端的信号，或迅速瓦解。
当银行体系不稳健时，通过公开市场来进行流动性管理也会受挫。在公开市场央行售出其持有的证券来降低信贷扩张，可是该影响会被高风险的借款人对利率的非弹性需求而减弱，他们会提出更高的利率来谋求同额贷款。当银行极为脆弱时，执行货币政策的工具会变得不对称，货币政策的放松比紧缩容易。
市场力量脆弱的银行体系，尤其是那些国有银行为主的体系，传导政策效率相对较低。在金融风险高的银行体系中，信贷供应不会受资本或利率的限制，因为银行为了创造收益而可能无视风险因素。当银行允许借款人将应该支付的利息资本化（即以贷收息，将应收的贷款利息转为新贷款的本金），或当借款人根本就不打算归还贷款时，信贷需求和银行贷款对利率变得不太敏感。 企业 之间、企业与银行之间普遍存在信用观念淡薄，赖帐现象屡见不鲜。这是地地道道的道德风险， 目前 的债转股工作要谨防道德风险的发生。
（三）不适当的货币政策会放大金融风险
货币政策会影响银行体制，放松银根的宽松政策可以提高银行的盈利，但是当实施紧缩的货币政策时，银行可能会很难调整经营策略。因为尽管稳健的银行会有足够的灵活性资产来调整流动性状况，但银根突然抽紧会在不稳健的银行中引发流动性危机。经验表明，放松的货币政策可能会在短期内给银行带来好处，但是长久会造成资产价格泡沫和通货膨胀，扰乱银行的经营，侵蚀银行资本的真实价值，导致银行出现有问题贷款，形成风险。
用来执行货币政策的工具也会对银行体系产生影响。没有运行良好的“最后贷款人”的信贷便利，会打乱支付系统的正常运转；通过抛售资产增强流动性会使流动性不足的银行变得资不抵债；信贷或利率控制会迫使银行过多的持有不产生利润的准备金；限制银行的流动性管理，会导致银行中介功能的丧失，减小银行的客户基础和盈利水平。法定准备金不能按市场利率获取利息，实际上是对银行体系征收的一种税。例如，我国以前的存款准备金率（加上备付金率）高达18％－23％。国家一边采取放松银根的货币政策，一边又采取高的存款准备金制度，放松银根的货币政策的效果被高的存款准备金制度所抵消，同时削弱了银行的获利能力。