[1]案《大明一統志》（西安，三秦出版社，1990）卷七八福建漳州府（頁1201）有羅溪。
[2]《中國書店三十年所收善本書目》（北京，中國書店，1982），集部，明別集類，頁198。
[3]《北京圖書館古籍善本書目》（北京，書目文獻出版社，1987）集部總集類，頁2819。
[4]《四庫全書總目》（北京，中華書局，1965）卷一九三總集類存目，頁1762。
[5]《明史》（北京，中華書局，1974）卷二五五《黃道周傳》，頁6595。
[6]張岱《石匱書後集》（北京，中華書局，1959）卷三七《黃道周傳》，頁221。
[7]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周金聲列傳》張岱論贊，頁225。
[8]《明史》卷二五五《黃道周傳》，頁6592～6599；又卷二四《莊烈帝本紀二》，頁326。
[9]《明史》卷二五二《楊嗣昌傳》（頁6509～6510）載楊嗣昌在奪情起用前“以父憂去，復遭繼母喪”。《明史》卷六○《禮志一四》（頁1493）載，依明制，其“斬衰三年者：子爲父母，庶子爲所生母，子爲繼母”。故楊嗣昌應服滿三年喪期，始得復居官位，而據《國榷》（北京，中華書局，1958）卷九六崇禎十一年七月壬戌條（頁5813）載：“嗣昌于丁丑（案崇禎十年）二月趨朝時，父服閱十八月，母服纔五月也。若奪情之命，又先乎此。”案據《國榷》卷九五（頁5762）記載，所謂“奪情之命”，詔下於崇禎九年十月甲申，故明顯背戾明朝典制。
[10]谷應泰《明史紀事本末》（北京，中華書局，1977）列《東林黨議》一節（頁1025～1059），專門記述明末黨爭之緣起經過；已故謝國楨先生所著《明清之際黨社運動考》（北京，中華書局，1982）一書，更詳細論述了這一時期的黨派爭執，可以參考。
[11]南明時幾社中堅夏允彜撰《幸存錄》（上海，上海書店，1988，影印原商務印書館印《明季稗史初編》本），列有“門戶大略”一節（頁287～294），反思東林黨人的諸多失誤和缺陷，不贊成“後世之論，必一賢一邪，有難渾者”的評判。作爲党社中人，夏允彜對於東林黨活動的反思是必要的，也是允當的。但是，不管是對於後世的評判者來說，還是對於明末實際 政治 鬥爭的當事人來說，從總體上看，這兩大陣營之一賢一邪，終究還是涇渭分明，不容混淆的。
[12]李慈銘《越縵堂讀書記》（上海，上海書店出版社，2000年6月）史部正史類“明史”條（頁370）謂：“明世七卿，以吏部、兵部、都察院爲尤重。”
[13]《明史》卷二五二《楊嗣昌傳》，頁6510～6521。
[14]夏允彜《幸存錄》“流寇大略”條，頁312。
[15]計六奇《明季北略》（北京，中華書局，1984）卷一“楊嗣昌奏歲饑”條，頁23。
[16]趙翼《廿二史劄記》（北京，中華書局，1984）卷三五“明末書生誤國”條（頁806～807）即持此說，可參看。
[17]張岱《石匱書後集》卷八《孫承宗傳》，頁75～80。《明史》卷一一○《宰輔年表二》，頁3384。
[18]史惇《慟餘雜記》（北京，中華書局，1959）“東林經濟”條（頁71）云，在東林所謂“大經濟”諸人中，唯有孫承宗“少見方略”，其餘諸人率不值一提。
[19]王世德《崇禎遺錄》（南京，江蘇古籍出版社，1986，《明史資料叢刊》第五輯本）崇禎十二年九月，頁14）。
[20]李世熊《寒支二集》（清道光八年姚江陳氏木活字本）卷四《答黎媿曾簡》，頁22a。又清人李慈銘在《越縵堂讀書記》中（史部正史類“明史”條，頁377），雖然指斥楊嗣昌爲“蓋世之奸”，卻也不能不承認他是一個“有才”的人物。
[21]范景文《范文忠公文集》（上海，商務印書館，1936，《叢書集成》初編本）卷四《讜論當存人材可惜疏》，頁65。
[22]彭遵泗《蜀碧》（上海，上海書店，1982，影印神州國光社《中國歷史 研究 資料叢書》本）卷一崇禎庚辰秋七月，頁11）。
[23]《明史》卷二五二《楊嗣昌傳》（頁6510～6520）。案王世德撰《崇禎遺錄》，雖極力稱讚楊嗣昌的才能，也不得不承認（頁15）：“唯用熊文燦以誤國，罪無所逭耳。”李世熊《寒支二集》卷四《答黎媿曾簡》（頁22a）記載，黃道周也說楊嗣昌是“以不善用人而敗”。
[24]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁222。
[25]《明史》卷二五二《楊嗣昌傳》，頁6510；又卷二五五《黃道周傳》，頁6599。
[26]張履祥《言行見聞錄》（北京，中華書局，2003，《楊園先生全集》本）卷二，頁904。
[27]計六奇《明季北略》卷二三“總論流寇天下”條，頁680。
[28]查繼佐《罪惟錄》（杭州，浙江古籍出版社，1986）列傳卷二五《楊鶴傳》，頁2493～2494。
[29]計六奇《明季北略》卷七“楊鶴受降”條，頁131。
[30]查繼佐《罪惟錄》列傳卷二五《楊鶴傳》，頁2495。
[31]計六奇《明季北略》卷一四“宋學朱濟南被圍”條，頁249～250。《明史》卷二七八《楊廷麟傳》，頁7114。
[32]《國榷》卷九六崇禎十一年五月己巳條，頁5808～5810。計六奇《明季北略》卷一四“楊嗣昌論熒惑”條，頁237～238。
[33]王世德《崇禎遺錄》崇禎二年十月，頁8。
[34]徐鼒《小腆紀傳》（北京，中華書局，1958）卷二三《黃道周傳》，頁237。
[35]《明史》卷二五二《楊嗣昌傳》，頁6509。
[36]參見李棪《東林黨籍考》（北京，人民出版社，1957）。
[37]文秉《先撥志始》（上海，上海書店，1982，影印神州國光社《中國歷史研究資料叢書》本）卷下“欽定逆案”，頁218～268。谷應泰《明史紀事本末》卷七一《魏忠賢亂政》，頁1170～1171。《明史》卷三○六《閹黨傳》，頁7851～7853。
[38]文秉《先撥志始》卷下“欽定逆案”，頁235。
[39]《明史》卷三○五《魏忠賢傳》，頁7818；又卷二四五《周宗建傳》，頁6357～6358。
[40]《明史》卷三○六《徐大化傳》，頁7865。
[41]在刊佈所謂“東林黨人榜”之前，閹黨已有圈點《縉紳便覽》，編造“東林同志錄”、“東林點將錄”等種種黑名單，但據文秉《先撥志始》卷上（頁154）記載，這些黑名單都是在“楊、左既逐”之後才出現的，所以郭鞏應是其始作俑者。
[42]《明史》卷二四五《周宗建傳》附《郭鞏傳》，頁6360。
[43]《明史》卷二四五《周宗建傳》，頁6358。
[44]《明史》卷二五九《熊廷弼傳》，頁6693。
[45]《明史》卷二四五《周宗建傳》，頁6356。
[46]《明史》卷二四五《周宗建傳》附《郭鞏傳》，頁6360。
[47]《明史》卷二六○《楊鶴傳》，頁6726。
[48]李慈銘《越縵堂讀書記》史部正史類“明史”條，頁377。
[49]史惇《慟餘雜記》“錢牧齋”條，頁72。
[50]夏燮《明通鑒》（北京，中華書局，1959）卷八六莊烈皇帝崇禎十一年七月乙丑條，頁3294。
[51]文秉《先撥志始》卷下“欽定逆案”，頁266～268。
[52]《明史》卷三○八《溫體仁傳》，頁7932～7934；又卷三○六《閹黨傳》，頁7868。
[53]《明史》卷二五三《薛國觀傳》，頁6538～6541。
[54]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁222。
[55]《明史》卷七○《選舉志》二，頁1701。
[56]計六奇《明季南略》（北京，中華書局，1984）卷八“黃道周誌傳”條，頁315～316。查繼佐《罪惟錄》列傳卷一二下《黃道周傳》（頁1963）載：“例經筵展書官膝前行。道周以道尊，平步進。魏逆連目懾之，不爲動。”
[57]《明史》卷二五一《文震孟傳》，頁6495～6497。《黃宗羲全集》（杭州，浙江古籍出版社，1993）第10冊碑誌類《鄭峚陽先生墓表》，270～271頁。
[58]鄭鄤《峚陽草堂文集》（1932年族孫鄭國棟木活字印《峚陽全集》本）卷一六《天山自敍年譜》，天啓二年，頁15a。
[59]洪思《黃子傳》（清道光間陳壽祺編刻本《黃漳浦集》卷首附），頁1b。
[60]莊起儔《漳浦黃先生年譜》（清道光間陳壽祺編刻本《黃漳浦集》附）卷上，天啓二年，頁12a。
[61]黃道周《黃漳浦集》（清道光間陳壽祺編刻本）卷二《救鄭鄤疏》，頁20a。
[62]查繼佐《國壽錄》（北京，中華書局，1959）卷四《閣部黃道周傳》，頁128。張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁221。計六奇《明季南略》卷八“黃道周誌傳”條，頁315～316。案《明史》本傳（頁6592）等書謂道周以“內艱歸”，不確。莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上（頁12b～13a）明確記載，黃道周天啓五年七月到家，翌年春迎娶夫人蔡氏，“越兩月而母太夫人違養”。又《明季南略》之“黃道周誌傳”，謂道周始授庶吉士時，即因慈母在上，“議且有待”，於是“決意歸隱”，最終也是自己“亟請告行”。據此，黃道周容或有歸隱之意。但是，他離職歸里，時在三年多以後，說明當時並未下決心辭官。黃道周離開朝廷時，還是受到了某種逼迫。
[63]清道光間陳壽祺編刻本《黃漳浦集》附莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，天啓五年下（頁13a）附洪思撰黃道周年譜，謂黃道周自己說，他在天啓五年春，正“以講筵獲罪”。
[64]計六奇《明季南略》卷八“黃道周誌傳”條，頁316。
[65]《明史》卷二五九《袁崇煥傳》，頁6718～6719。
[66]《明史》卷二五一《錢龍錫傳》，頁6485～6486。谷應泰《明史紀事本末》卷六六《東林黨議》，頁1049。
[67] 計六奇《明季南略》卷八“黃道周誌傳”條，頁316。
[68]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁221。
[69]《明史》卷二五五《黃道周傳》，頁6592～6594。
[70]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁221。
[71]《明史》卷二五五《黃道周傳》，頁6594。
[72]《明史》卷三○八《溫體仁傳》（頁7934）載：“體仁陰使侍郎張捷舉逆案呂純如以嘗帝。言者大嘩，帝亦惡之，捷氣沮，體仁不敢言，乃薦謝陞、康世濟爲之。世濟尋以薦逆案霍維華得罪去。維華之薦，亦體仁主之也。體仁自是不敢訟言用逆黨。”案據談遷《國榷》（頁5656），呂純如之薦，事在崇禎七年八月，此可概見崇禎初年之人心輿論。
[73]《明史》卷三○六《閹黨傳》，頁7853。
[74]《明史》卷三○八《溫體仁傳》，頁7935。
[75]計六奇《明季北略》卷一五“鄭鄤本末”條，頁263。谷應泰《明史紀事本末》卷六六《東林黨議》，頁1055。
[76] 計六奇《明季南略》卷八“黃道周誌傳”條，頁317。
[77]計六奇《明季北略》卷一五“鄭鄤本末”條，頁261。
[78]《黃宗羲全集》第10冊碑誌類《鄭峚陽先生墓表》，270～271頁。鄭鄤《峚陽草堂文集》卷一六《天山自敍年譜》，頁22b。
[79]文秉《烈皇小識》（上海，上海書店，1982，影印神州國光社《中國歷史研究資料叢書》本）卷四崇禎八年十一月，頁111。
[80]《國榷》卷九四崇禎八年十一月癸丑條，頁5718。
[81]鄭鄤《峚陽草堂文集》卷一六《天山自敍年譜》，頁26a～27b。
[82]谷應泰《明史紀事本末》卷六六《東林黨議》，頁1055。計六奇《明季北略》卷一五“磔鄭鄤”條，頁258。《明史》卷二五五《劉宗周傳》，頁6581。
[83]明末一些議論，以爲黃道周是受鄭鄤欺騙蒙蔽而與其交遊，並爲之開脫（如史惇《慟餘雜記》“黃石齋”條，頁69；又王世德《崇禎遺錄》崇禎八年，頁12），都是對於黃道周與鄭鄤的政治交往基礎缺乏關注而妄加推測。
[84]陳子龍自撰《年譜》（清嘉慶八年簳山草堂刊《陳忠裕公全集》附刊本）卷上（頁22a）崇禎十五年下，謂溫體仁“知鄭品穢易乘，可使群正奪氣”。
[85]《國榷》卷九五崇禎九年六月丙子條，頁5745。
[86]關於所謂“杖母”一事，明末以來，衆說紛紜。其中較質實者有《黃宗羲全集》第10冊碑誌類《鄭峚陽先生墓表》（270～271頁）、蕭穆《敬孚類稿》（合肥，黃山書社，1992）卷一四《記鄭鄤獄》（頁386～387）轉述嚴元照《蕙櫋雜記》記盧文弨所見當時案卷、計六奇《明季北略》卷一五“鄭鄤本末”條（頁259～263）、文秉《烈皇小識》卷四（頁111）等。其中《明季北略》與《烈皇小識》所說大體相同，而以《烈皇小識》記述稍簡省：“鄭（鄤）爲孝廉時，父振先私寵一婢，爲嫡吳氏所虐。振先與子謀，假乩仙以怵之。吳氏懼，甚願受杖以贖罪，即令此婢行杖。行次，鄤不禁失笑。吳氏大怒，謂渠父子私構此局，遍訴三黨。於是喧傳有杖母之事。”
[87]徐鼒《小腆紀傳》卷二三《黃道周傳》，頁241。
[88] 黃道周《黃漳浦集》卷二《救鄭鄤疏》，頁20a。
[89]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎九年，崇禎十年，頁18b。
[90]《國榷》卷九六崇禎十年五月丙申條，頁5783。
[91]《國榷》卷九六崇禎十年六月戊戌條，頁5784～5785。
[92]《明史》卷二五五《黃道周傳》，頁6595。
[93] 黃道周《黃漳浦集》卷三《論楊嗣昌疏》，頁12a。
[94]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁222。
[95] 黃道周《黃漳浦集》卷二《三罪四恥七不如疏》，頁18a。
[96]黃道周《黃漳浦集》卷二《慎喜怒以回天疏》，頁9a。
[97]張岱《石匱書後集》卷三七《黃道周傳》，頁222。
[98]陳子龍自撰《年譜》卷上崇禎十五年，頁22a。
[99]因“杖母”罪屬“忤逆”，從 法律 程式上講，要有父母指控，而鄭鄤父母早已去世，所以鄭鄤繫獄多年，未能定罪。後來，奸党中人便進一步誣控鄭鄤有奸妹、奸媳等罪行，於是，鄭鄤慘遭淩遲處死。事具文秉《烈皇小識》卷六崇禎十二年八月，頁171。
[100]計六奇《明季南略》卷八“黃道周誌傳”條，頁317。
[101]《國榷》卷九六崇禎十年十月甲寅條，頁5792。
[102]《國榷》卷九六崇禎十一年七月己巳、戊寅條，頁5815～5816。
[103]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎十一年至十三年，頁23b~26a。
[104]《明史》卷二七五《解學龍傳》，頁7043～7044。
[105]《明史》卷二五五《黃道周傳》，頁6599；又卷二五三《魏照乘傳》。文秉《烈皇小識》卷七崇禎十四年，頁186。
[106]《國榷》卷九七崇禎十三年八月癸丑條，頁5872。
[107]陳子龍自撰《年譜》卷上崇禎三年，頁27a。
[108]《國榷》卷九七崇禎十三年八月己未條，頁5873。
[109]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎十三年，頁26a～26b。
[110]《國榷》卷九七崇禎十三年十一月壬辰、十二月庚申條，頁5881，5883。
[111]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎十三年，28b。
[112]計六奇《眀季北略》卷一六“黃道周廷杖”條，頁275～276。
[113]《明史》卷九五《刑法志》三，頁2334～2336。
[114]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎十三年，頁28。
[115]計六奇《眀季南略》卷八“黃道周誌傳“條，頁318。案文秉《烈皇小識》卷七謂董養河等入獄是由黃道周“供出”，應是依據當時北司編造案卷而未加考索，不可信。
[116]《國榷》卷九七崇禎十四年二月丙辰條，頁5887。《明史》卷二五五《黃道周傳》，頁6599。
[117]錢謙益《列朝詩集小傳》（上海，上海古籍出版社，1983）丁集下，頁650。葉廷秀、黃道周、董養河《西曹秋思》（南明羅溪閣刻本）卷首《記》，頁1a。
[118]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎十三年，頁28b～29a。
[119]計六奇《眀季南略》卷八“黃道周誌傳“條，頁318。
[120]黃道周《黃漳浦集》卷三《乞赦解學龍葉廷秀疏》，頁23a。
[121]全祖望《眀儒學案》（北京，中華書局，1985）卷五六《諸儒學案》下四《忠烈黃石齋先生道周》，頁1334，
[122]莊起儔《漳浦黃先生年譜》卷上，崇禎十三年，頁28a。
[123]《國榷》卷九七崇禎十四年十二月甲子條，頁5911。
[124]錢謙益《列朝詩集小傳》丁集下，頁650。
[125]葉廷秀於明亡後，參加山東榆園義軍的抗清活動，兵敗被俘，不屈死節，而《明史》謂廷秀爲僧以終，所記有誤。民國時張相文對此最早做有考索，見張氏編纂《閻古古全集》（民國十一年排印本）附所撰《白耷山人年譜》卷上，丁亥永曆元年（頁10b～11b）、甲午永曆八年（頁16b）；著名版本學專家沈燮元先生，嘗爲弊篋所藏此《西曹秋思》撰寫題跋，亦闡發其事，稱頌葉廷秀與黃道周，“彪炳千秋，後先輝映”（此題跋後刊載於《北京高校圖書館學刊》1995年第1期上）。又謝國楨《清初農民起義資料輯錄》（上海，新知識出版社，1956），彙集有葉廷秀參與榆園抗清活動的一些重要史料（頁90～91）。